在呼格吉勒图故意杀人罪、流氓罪案再审案中，内蒙古自治区高级人民法院认为“原审认定呼格吉勒图犯故意杀人罪、流氓罪的事实不清，证据不足，对申诉人的请求予以支持，对辩护人的辩护意见和检察机关的意见予以采纳，判决呼格吉勒图无罪。”也就是说，作为疑难案件，该案存在的主要问题在于（）

A.法律事实层面的问题
B.法律规则层面的问题
C.法律裁判层面的问题
D.形式推理层面的问题