案例分析题女职工A某被一家公司录用。双方签定劳动合同期限为4年。签定合同的第3年A某开始休产假。原公司合同规定：“女职工符合计划生育规定生育的，产假为56天”。A某没有按照公司的规定休产假，而是按照国家规定休息了90天。当A某上班时，公司根据内部规定，认定超出56天的假期为旷工，并给予除名处理。A某认为旷工一事不是事实，向有关部门提出申述。

你认为劳动保障部门应如何处理？依据是什么？